Les complications sont devenues aujourd’hui exceptionnelles dès lorsque le chirurgien prend garde à bien respecter les différents temps opératoires de mise à plat des fistules. La possibilité d’effectuer le traitement des abcès en 2 temps doit toujours être bien expliqué au patient.
Néanmoins, l’existence d’un très volumineux abcès peut engendrer l’apparition secondaire de troubles de la continence anale. Des traitements, le plus souvent une kinésithérapie, sont alors entrepris et ce n’est que dans les cas extrêmes qu’un traitement chirurgical pour incontinence sera réalisé, par une équipe spécialisée dans la prise en charge de ces troubles.
La récidive des fistules anales est toujours possible et pose le problème d’une fistule anale dite complexe. Ces cas nécessitent la réalisation d’examens radiologiques complémentaires, tel une IRM pelvienne, à la recherche de trajets fistuleux inhabituels.
